El Plan de Ayutla, proclamado el 9 de julio de 1854, obtuvo su completo triunfo el 9 de julio de 1855, en que Antonio López de Santa Anna, escapó de la capital y desapareció definitivamente de la política.

Santa Anna, había nacido en Jalapa un 21 de febrero de 1794. De 1823-1855, Santa Anna, fue el principal político mexicano, unas veces vencedor y otras vencido, cuatro veces presidente y dos en el destierro. Se le permitió volver y murió obscuramente en la capital el 21 de junio 1876.

De 1855 a 1857, gobiernan el país Juan N. Álvarez e Ignacio Comonfort. El primero, en su corta Presidencia efectiva, inició la Reforma liberal de las Instituciones nombrando para su gabinete a liberales exaltados.

En la convocatoria para el Constituyente, priva al clero de sus derechos políticos, y por la ley Juárez declara renunciable el fuero eclesiástico, irrenunciable según el Derecho Eclesiástico. Esta ley pretendía desprestigiar al clero, llevando a los tribunales a sus miembros. El Supremo Tribunal de Justicia que protestó contra la ley Juárez fue disuelto. Como el general Álvarez se sentía incómodo en su sitio, dejó la presidencia a Comonfort, quién llevó con rigor la Reforma liberal y dio la ley Lerdo de desamortización de los bienes eclesiásticos, la prohibición de cobros por oficios parroquiales e impuso la Constitución de 1857.

El 1 de diciembre de 1857, Comonfort dejó de ser presidente sustituto y pasó a ser presidente constitucional, se encontró con el repudio general de la Constitución por el pueblo. La Constitución expedida el 5 de febrero de 1857, tenía como artículos reformistas, los siguientes: el 3º, de la enseñanza libre; el 5º, de la supresión de los votos religiosos; el 7º., de la libertad de imprenta, sin restricciones a favor de la religión; el 13º de las leyes Juárez e Iglesias; el 27º., de la ley Lerdo y el 123 de la intervención del poder federal en los actos del culto y de la disciplina externa.

Los ánimos estaban muy exaltados; Comonfort, habiendo exaltado más los ánimos, abandonado por todos, el 21 de ener de 1858, salió de la Ciudad de México.

Su salida dio lugar a la formación de dos gobiernos. Uno, en la capital, conservador con el general Félix Zuloaga; otro liberal, refugiado en Guanajuato, encabezado por Benito Juárez. Los dos gobiernos lucharon en tres campos: el legislativo, el diplomático y el de las armas, este último dirimió la contienda.

En este período los Presidentes fueron: Martín Carrera, del 14 de agosto al 12 de septiembre de 1855. Juan N. Álvarez del 4 de octubre al 11 de diciembre de 1855. Ignacio Comonfort, del 11 de diciembre de 1855 al 21 de enero de 1858. Hubo dos Gobiernos: uno Conservador y otro liberal.

El liberal con Benito Juárez desde el 19 de enero de 1858 hasta la caída del imperio de Maximiliano.

El Conservador con Félix Zuloaga del 23 de enero al 23 de diciembre de 1858. Manuel Robles Pezuela, del 23 de diciembre de 1858 al 21 de enero de 1859. José Mariano Salas, del 21 al 24 de enero de 1859. Félix Zuloaga, del 24 de enero al 2 de febrero de 1859. Miguel Miramón, del 2 de febrero de 1859 al 13 de agosto de 1860. Félix Zuloaga, del 9 al 10 de mayo de 1860. José Ignacio Pavón, del 13 al 15 de agosto de 1860. Miguel Miramón, del 15 de agosto al 24 de diciembre de 1860. Félix Zuloaga, del 28 de diciembre de 1860 al 1862.

En este período, el aspecto de la nación era desolador. La pacificación no se había logrado ni parecía lograrse. A la tradicional anarquía política, se añadía la honda división de la sociedad en dos partidos que luchaban a muerte. El liberal había provocado una verdadera persecución religiosa con la legislación reformista y con los hechos vandálicos de algunos revolucionarios que saquearon y destruyeron iglesias y conventos.

El gobierno de Benito Juárez llevaba a cabo con rigor la reforma cerrando conventos, despojando iglesias, desterrando a Obispos, destituyendo a los empleados que hubieran firmado protestas contra las leyes de reforma; pero no podía mantener su autoridad en los Estados de la Federación, que se hacían cada vez más independientes, ni podía pagar la deuda extranjera. Inglaterra, Francia y España recordaron que México les debía 70, 27 y 10 millones respectivamente. Entre diciembre y enero de 1862-3, desembarcaron en Veracruz ejércitos de las tres naciones. El ejército francés atacando a Puebla, fue derrotado. Las miras de Francia y España eran de restaurar en México la Monarquía; Estados Unidos, asechaba la oportunidad de lograr territorio para nuevos Estados de la Unión. El 15 de julio, Juárez entró a la Capital y con ello la república federal laica y los liberales que siguieron redactando a voluntad la historia de México.